Czas panowania Justyniana przyniósł dla cesarstwa wiele pozytywnych zmian. Powołał komisję, złożoną z prawników i uczonych, której zadaniem było unowocześnienie i usystematyzowanie prawa rzymskiego. Na czele zespołu stanął prawnik Tribonarius. Najpierw komisja wydała Digesta – zbiór opinii wybitnych rzymskich prawników na temat konkretnych przypadków prawnych. Największą zasługą justyniańskiej komisji kodyfikacyjnej było spisanie „Kodeksu Justyniana”, Corpus Iuris Civilis, 528–534). Również jego słynna małżonka Teodora przyczyniła się do nadania kobietom w kodeksie wielu praw.
Wprowadzane reformy i wojny obciążały skarb państwa, dlatego Justynian podnosił podatki. 11 stycznia 532 mieszkańcy Konstantynopola, po odrzuceniu przez cesarza ich żądań dotyczących obniżenia podatków i zmniejszenia kosztów administracji, wzniecili powstanie w stolicy. Justynian z trudem utrzymał władzę, w buncie, który został krwawo stłumiony przez jednego z jego wodzów, Belizariusza, zginęło ok. 30 tysięcy ludzi.
Justynian aktywnie zwalczał ostatnie pozostałości religii pogańskich, z jego rozkazu m.in. zamknięto wciąż działającą świątynię Izydy na egipskiej wyspie File. Cesarz wydał antypogańskie dekrety, w których pod groźbą konfiskaty mienia nakazano przyjęcie chrztu wszystkim obywatelom cesarstwa którzy dotychczas tego nie uczynili, a za prywatne nawet sprawowanie kultu dawnych bogów wprowadzono karę śmierci. W roku 529 na rozkaz Justyniana zamknięto Akademię Platońską. Skupieni w niej filozofowie uciekli do Persji, część z nich znalazła schronienie w Harranie.
Justynian wprowadził cezaropapizm, oznaczało to że cesarz zwoływał synody i decydował o dogmatach. W roku 553 zwołał do Konstantynopola sobór, nie licząc się z opinią hierarchii Kościoła Zachodu. Na soborze zostały potępione poglądy Ibasa i Teodoreta z Cyru.Za panowania Justyniana I Wielkiego powstało wiele budowli użyteczności publicznej, a prestiżowym przedsięwzięciem było ufundowanie trzeciej bazyliki Hagia Sophia (Mądrości Bożej) w Konstantynopola (dwie poprzednie uległy zniszczeniu). Władca budował świątynie nawet w dalekich prowincjach, np. Bazylika San Vitale w Rawennie. Monumentalne budowle, akwedukty, drogi i mosty oraz łaźnie publiczne miały zapewnić Justynianowi propagandowy sukces wśród obywateli cesarstwa. Jednak kwitnące donosicielstwo, brak tolerancji religijnej (potajemne praktyki były karane śmiercią), ostra cenzura i próżność cesarza psuły ten wizerunek.